Простейшие играют важную роль в природе. Они способствуют очистке водоёмов, служат кормом для мальков рыб.
Скелеты морских простейших после их смерти образуют осадочные породы: сланцы, известняк. Многие горы нашей планеты, в том числе высочайшая вершина в мире Эверест (Джомолунгма), образованы известняками, т.е. остатками простейших.