Для изучения клетки используются следующие основные методы:
1) Микроскопия. Применяются световые и электронные микроскопы. Микроскопическая техника даёт возможность исследовать мир клеток со всё возрастающей точностью, позволяя создавать объёмные изображения с высокой контрастностью и различной окраской;
2) Центрифугирование. Используется для выделения и изучения различных структур клетки.
Кроме микроскопии и центрифугирования, исследователи применяют и другие методы изучения клеток. В том числе и те, которые основаны на способности клеток светиться при определённых условиях проведения исследования, усваивать радиоактивные изотопы и т.п.