В результате работы дыхательной цепи митохондрий концентрация Н+ в межмембранном пространстве существенно превышает их концентрацию в матриксе, что создаёт направленный внутрь митохондрий градиент концентрации протонов. Энергия этого градиента используется ферментом АТФ-синтетазой, которая по градиенту концентрации пропускает в матрикс ионы Н+ и синтезирует АТФ из АДФ и Фн.