Бактерии выделены в отдельное царство, называемое "Бактерии" или "Прокариоты", на основании признака их прокариотической организации. Прокариоты отличаются от эукариотических организмов (к которым относятся животные, растения и грибы) отсутствием ядра и внутренних мембранных органелл. У бактерий генетический материал (ДНК) находится свободно в цитоплазме, не ограниченном ядерной оболочкой, и они обычно не имеют сложно организованного внутреннего мембранного аппарата, такого как митохондрии или хлоропласты.
Этот существенный различный признак структуры и организации клетки позволяет выделить бактерии в отдельное царство, отдельно от эукариотических организмов.