Клетки грибов имеют ядра, и клетках бактерий ядра отсутствуют.
В клетке бактерий из органоидов имеются только рибосомы (и клетках грибов кроме рибосом имеется множество других органоидов митохондрии, эндоплазматическая сеть и т. д.).
Грибы могут быть многоклеточными и одноклеточными, бактерии являются исключительно одноклеточными организмами.
Гриб имеет тело в виде разветвленного мицелия, в то время как у бактерий нет ничего подобного.
Грибы принципиально недвижимы, среди бактерий есть типы, обладающие жгутиками.