Клетки грибов имеют ядра, в клетках бактерий ядра отсутствуют.
В клетке бактерий из органоидов имеются только рибосомы (в клетках грибов кроме рибосом имеется множество других органоидов, митохондрии, эндоплазматическая сеть и т. д.).
Грибы и водоросли могут быть многоклеточными и одноклеточными, бактерии являются исключительно одноклеточными организмами.
Гриб имеет тело в виде разветвленного мицелия, в то время как у бактерий и водорослей нет ничего подобного. Грибы принципиально недвижимы, среди бактерий и водорослей есть типы, обладающие жгутиками. .
Многоклеточные водоросли образуют слоевище, а многоклеточные грибы - грибницу. Они не имеют органов и тканей.
В клетке водоросли, в отличии от клетки гриба и бактерий есть хлоропласты.