Ротовое отверстие планарии ведёт в мускулистую глотку, которая может выворачиваться наружу и захватывать добычу. От глотки начинается слепо замкнутый кишечник, состоящий из трёх ветвей. Кишечник планарии имеет множество выростов, за счёт которых увеличивается его поверхность, что облегчает переваривание добычи и всасывание питательных веществ. В кишечнике планарии происходит полостное и внутриклеточное пищеварение, однако полостное преобладает. Для осуществления полостного пищеварения стенки кишечника выделяют пищеварительный сок. Также в кишечнике есть клетки, способные захватывать пищевые частицы и заканчивать подготовку к усвоению в собственных пищеварительных вакуолях. Пищеварительная система имеет только одно отверстие — ротовое.
Выделительная система планарии представлена звёздчатыми клетками и канальцами. Аммиак с водой из клеток паренхимы поступает в звёздчатые клетки, а оттуда направляется в каналец и собирательные трубочки, открывающиеся в окружающую среду несколькими отверстиями - выделительными порами.