Крупные водные членистоногие дышат при помощи жабр. У наземных форм органами воздушного дыхания являются лёгкие. У сухопутных членистоногих для дыхания возникает трахейная система, У водных членистоногих органами выделения являются специальные железы, у сухопутных - выделительные трубочки (мальпигиевы сосуды).