Молекулы лизосом изначально синтезируются в рибосомах на мембранах шероховатой ЭПС и затем переносятся в комплекс Гольджи. От него отделяются так называемые первичные лизосомы — мембранные пузырьки, содержащие ферменты, которые подверглись необходимым превращениям. Первичные лизосомы могут сливаться с эндоцитозными пузырьками. Так образуются вторичные лизосомы, или пищеварительные вакуоли.
Лизосомы содержат ферменты, способные расщеплять различные органические соединения (белки, углеводы, липиды и др).
Лизосомы участвуют не только в расщеплении веществ, поступивших в результате эндоцитоза, но и в переваривании структурных компонентов клетки, и даже целых клеток. Благодаря лизосомам могут уничтожаться, например, дефектные или отслужившие свой срок органоиды, поврежденные или погибшие клетки.
Вакуоли растительных клеток образуются из небольших мембранных пузырьков, которые являются производными ЭПС или комплекса Гольджи.
Содержимое вакуоли — клеточный сок — представляет собой водный раствор различных веществ. Так, в состав клеточного сока могут входить запасные вещества, например углеводы, карбоновые кислоты, аминокислоты, пигменты, ферменты или конечные продукты метаболизма клетки.
Вакуоли обеспечивают накопление, хранение и изоляцию различных веществ. За счет пигментов, содержащихся в клеточном соке, они способны придавать окраску разным частям растений. Клеточный сок является более концентрированным раствором, чем гиалоплазма, поэтому в вакуоль путем осмоса поступает вода. За счет этого вакуоль оказывает давление на гиалоплазму и тем самым на клеточную стенку. Так в клетке поддерживается тургорное давление, которое обусловливает сохранение ее формы. Поглощение воды вакуолями играет важную роль в растяжении молодых клеток при их росте и в регуляции водного режима растения.