Соматические клетки большинства живых организмов имеют диплоидный набор хромосом. В диплоидном наборе все хромосомы – парные (одна из гомологичных хромосом унаследована от отца, а другая – от матери). Аллельные гены занимают одинаковые участки гомологичных хромосом, следовательно, диплоидные клетки содержат двойной набор аллельных генов. Поэтому у диплоидных организмов каждый признак, как правило, определяется двумя аллельными генами (исключения связаны с хромосомными и геномными мутациями, а также со взаимодействием неаллельных генов).
Гаметы образуются в результате мейоза и содержат гаплоидный набор хромосом. В анафазе I гомологичные хромосомы, содержащие аллельные гены, растягиваются к противоположным полюсам делящейся клетки и в конечном итоге попадают в разные гаметы. Поэтому два аллельных гена не могут оказаться в одной и той же половой клетке. В каждую гамету попадает лишь один из них.