Серьезной проблемой для Казахстана стало загрязнение поверхности вол. Как воздушный бассейн и почвы, так и воды рек в пределах Казахстана подвергаются интенсивному загрязнению сбросами промышленных предприятий, содержащими свиней, медь, а также пестициды и другие отходы сельскохозяйственного производства. Особенно загрязнены водосборные бассейны Ергиса, Жайыка. Жема, Есиля, Сырдарии, рек бассейна Балкаша и многих малых рек, В результате происходит необратимое разрушение водных биоценозов, изменяется механизм генетической наследственности растений и животных.
Основные меры по охране водных ресурсов: необходимо создавать мощные очистительные
сооружения, внедрять замкнутые циклы применения воды на промышленных предприятиях; создавать безотходные производства, когда отходы одной ступени производственного цикла используются как сырье для другой, улучшать технологии производств; регулировать сток, сокращать потери водных ресурсов: бережно расходовать поливные, грунтовые и артезианские воды; строго соблюдать режим лесопользования водоохранных лесов.