Напротив, образование живого вещества из минеральных соединений характерно не для всей биосферы, а только для земной поверхности и верхней части Мирового океана, где протекает фотосинтез. Все растения дышат и, следовательно, наряду с фотосинтезом окисляют органические соединения до углекислого газа и воды. Но фотосинтез — более мощный процесс, чем дыхание, и растения а основном выступают в роли накопителей органических веществ и энергии.
Животные и большинство микроорганизмов в основном разлагают органические вещества, образуя или простые минеральные соединения (углекислый газ, воду, аммиак, соли кальция, магния и др.), или менее сложные органические соединения, которые в дальнейшем разлагаются другими микроорганизмами.
Главные превращения растительные и животные остатки претерпевают в почвах и илах. В дальнейшем в биосфере происходят более медленное их изменение под влиянием подземных вод.