Грибы являются одной из древнейших групп эукариотических организмов, появившихся, вероятно, 900 млн. лет назад. Полагают, что настоящие грибы выделились в самостоятельную эволюционную ветвь еще до разделения первых эукариот на царство животных и растений и представляют собой самостоятельную филогенетическую линию.
Возможными предками зигомицетов, аскомицетов и базидиомицетов по одной из теорий считаются жгутиковые флагелляты, по другой - древние водоросли, с которыми, возможно, эти грибы имели общего предка.
Предками грибоподобных организмов (миксомицеты, оомицеты и др.) могли быть либо утратившие пигменты водоросли, либо какие-то гипотетические, возможно общие для водорослей, простейших и грибоподобных организмов, первичные бесцветные монадные предковые формы.