По способу получения энергии все бактерии делятся на два типа: автотрофы и гетеротрофы (питаются готовыми органическими веществами – паразиты, сапротрофы, симбионты). Среди бактерий-автотрофов также есть фототрофы или фотосинтезирующие – цианобактерии, пурпурные и зеленые бактерии. Есть бактерии, которые получают энергию за счет окисления неорганических веществ (серы, сероводорода, аммиака). Это хемосинтетики.
Относительно кислорода, бактерий делят на аэробных (нуждаются в кислороде) и анаэробных (способны жить в бескислородных условиях). Некоторые бактерии используют процесс брожения – анаэробный ферментативный способ расщепления органических веществ.