В основе комбинативной изменчивости лежит три процесса. Это кроссинговер (обмен участками гомологичных хромосом), случайное сочетание гамет (и, как следствие, хромосом) при оплодотворении и независимое расхождение гомологичных хромосом в мейозе (при образовании половых клеток).