Энергия, потерянная при переходе с одного трофического уровня на следующий, фактически не "исчезает", а просто становится менее доступной для использования в экосистеме. Эта потеря энергии объясняется законами термодинамики и динамикой пищевых цепей.
Когда организм на одном трофическом уровне потребляет организм на более низком уровне, лишь небольшая часть энергии от перекачиваемой пищи фактически используется для роста и размножения. Большая часть энергии теряется в виде тепла в процессе обмена веществ и движения, или же используется организмом для поддержания своих жизненных функций (например, для дыхания, терморегуляции и т. д.).
Таким образом, энергия, "потерянная" при переходе между трофическими уровнями, фактически преобразуется в формы, которые не могут быть использованы следующими звеньями пищевой цепи для роста и размножения. В результате каждое последующее звено в цепи получает лишь небольшую долю энергии, доступной для использования, и этот процесс продолжается по мере передачи энергии через экосистему.