Русская Православная церковь сыграла важную роль в событиях Смутного времени. И хотя священнослужители и монахи не обязаны были заниматься военным делом, в случае необходимости они нередко становились на защиту родной земли от иностранных захватчиков (самый яркий пример – героическая оборона Троице-Сергиева монастыря в 1608 – 1610 гг.). Характерной чертой православного духовенства было то, что оно почти всегда поддерживало законную власть, а точнее того, кто занимал царский престол. Тем самым такая позиция способствовала единству государства и народа. Поэтому церковные иерархи чаще всего выступали против самозванцев и бунтовщиков (например, осуждали восстание И. Болотникова). Также следует отметить, что такая позиция церкви положительно влияла на настроения и умы населения России, а в решающие 1610 – 1612 гг. вдохновила русский народ на национально-освободительную борьбу с литовско-польскими захватчиками.
Естественно, что большое значение имели личная позиция и взгляды того или иного церковного иерарха. К примеру, патриарх Иов (1589 – 1605) до последнего поддерживал Бориса Годунова и его сына Фёдора, даже когда почти всё боярство переметнулось к Лжедмитрию I, за что и поплатился своим саном. Новый патриарх Игнатий (1605 – 1606), напротив, был ставленником самозванца и поэтому принимал выгодные для него решения: например, одобрил его брак с католичкой Мариной Мнишек. Поэтому и не удивительно, что после воцарения Василия Шуйского он был устранен и сослан в монастырь. Однако следующему патриарху – Гермогену (1606 – 1612) судилось стать известнейшей фигурой в период Смуты. Прямой, неприклонный и решительный, он всегда оставался предан православию, государю и своему народу. Во времена осады Москвы Лжедмитрием II, он призывал русских воинов сохранять верность своей присяге, не поддаваться на уговоры врага и бороться с самозванцем. Однако главной заслугой Гермогена стала его героическая деятельность в период польско-литовской оккупации. Патриарх решительно выступал против кандидатуры королевича Владислава, и стал открыто призывать русский народ объединиться, защитить православие и свою родную землю от захватчиков-иноверцев. Его выступления повлияли на формирование первого всенародного ополчения, а потом – и второго. Гермоген не поддался на угрозы и репрессии поляков, и остался верен своим убеждениям. Ценой собственной жизни. К сожалению, он не увидел освобождение Москвы собственными глазами. Однако его призывы всё же принесли свои плоды, и Российское государство возродилось из пепла.