Видоизменёнными называются корни, имеющие определённые особенности строения в связи с условиями окружающей среды и выполняющие дополнительные функции. Например, корни иван-чая, малины, сливы, сирени образуют корневую поросль (корневые отпрыски), которые дают начало новым растениям. Многие растения способны откладывать в корнях запасные питательные вещества, т.е. имеют запасающие корни (корнеплоды, корнеклубни). У тропических растений (орхидея), растущих на стволах деревьев, развиваются многочисленные придаточные корни, которые поглощают воду и минеральные вещества из воздуха. Это воздушные корни. Тропическое растение баньян имеет придаточные корни, отходящие от стволов и ветвей, которые служат для этого растения дополнительной опорой — это ходульные корни. У растений — обитателей мангровых зарослей развиваются дыхательные корни. Они обеспечивают растения дополнительным кислородом. У растений-паразитов (повилика) развиваются особые корни-присоски, которые способны проникать в тело растения-хозяина.