Семя состоит из зародыша, эндосперма (имеется не у всех растений) и семенной кожуры. Зародыш состоит из зародышевого корешка и зародышевого побега. Зародышевый побег состоит из стебелька, почечки и листьев.
Зародышевые листья — семядоли — защищают зародышевую почечку и могут содержать запас питательных веществ (горох, капуста, лимон). Другие растения (лук, картофель, рожь) хранят свой запас питательных веществ в особой запасающей ткани — эндосперме.
Семенная кожура защищает внутреннее содержимое семени.
На кожуре располагаются рубчик — след от крепления семени к стенкам плода — и семявход (микроотверстие). Через семявход в семя при прорастании проникает вода.
Некоторые растения содержат 2 семядоли (фасоль, слива), а другие – одну (овёс, лук).