Первый этап восстания длился с сентября 1773 года по март 1774 года. Он состоял во взятии нескольких крепостей и в шестимесячном «топтании» Пугачёва у стен Оренбурга. Осада города окончилась тем, что на помощь осажденным из Казани подошла армия генерала Бибикова и разгромила восставших. Так же осенью 1773 года соратники Пугачёва были отправлены во главе нескольких отрядов на Самарскую укрепленную линию и в Башкирию. Были взяты несколько крепостей на реке Самаре, к восставшим присоединились калмыцкие отряды. В Башкирии восставшие башкирские старшины захватили населенные пункты вокруг Уфы. Прибывшие в Башкирию казачьи атаманы Пугачёва вместе с восставшими башкирами осадили Уфу, но так и не смогли ее взять, осажденному гарнизону пришла помощь, а восставшим пришлось отступить.
События второго этапа в апреле-июне 1774 года разворачивались на территории Башкирии и Татарстана. Ряды пугачевской армии пополнили рабочие уральских фабрик. После поражения от армии Бибикова численность мятежников выросла до 20 тысяч бойцов. Пугачев осадил Казань, занял предместья города, но кремль, в котором забаррикадировались правительственные войска, остался под контролем властей. Правительство отправило в Казань отряд во главе с Иваном Михельсоном. Пугачев разнес слух, что царская армия разбита, а Казань захвачена. Ложная весть долетела до Петербурга, где Екатерина II пришла в ужас и была готова покинуть Россию. Однако Пугачев проиграл Михельсону и отступил от Казани.
Третий этап. Несмотря на крупное поражение под Казанью, Пугачев объявил, что отправится походом на Москву. Он издал указ от имени Петра III, согласно которому освободил всех крестьян от крепостного права и налогов. Его призыв поддержали тысячи крестьян по всей Правобережной Волге. Повсюду крестьяне громили дома помещиков. К середине 1774 года пламя Пугачевского восстания приближалось к границам Московской губернии. Его войска триумфально вошли в Саранск и Пензу, были взяты города Троицк, Темников, Инсар, Нижний Ломов… Однако, желая привлечь в свои ряды волжских и донских казаков, Пугачев не пошел на Москву. А повернул на юг. Восставшие взяли Саратов, Камышин и подступили к Царицину (Волгоград) и осадил его. Осада вышла безуспешной. Подошедшие царские войска разбили армию Пугачева. Сам предводитель повстанцев бежал, но был пленен собственными соратниками, которые выдали Пугачева властям.