Изменение структуры белка у вареного яйца связано с таким процессом, как денатурация. Под воздействием высокой температуры происходят физические и химические изменения, которые ведут к разрушению, либо изменению третичной и вторичной структур белка. В результате этого он теряет свою первоначальную форму, становится плотным и твердым.
Другим примером случая, когда структура белка может измениться, является воздействие на него ультрафиолетовых излучений, кислот, щелочей и химических реагентов. Также при добавлении тепла, например, во время выпечки, структура белка меняется, образуя трехмерную сеть. Это также связано с денатурацией и приводит к образованию прочного сгустка.