Многие простейшие являются незаменимым кормом для других животных (червей, моллюсков, мелких ракообразных, рыб). Простейшие участвуют в образовании осадочных пород (известняки, песчаники). Спрессованные за миллионы лет раковины простейших превратились в меловые отложения. Мел представляет собой спрессованные панцири миллиардов фораминифер. Мел используется в строительстве, бумажной и пищевой промышленности, для письма па досках в школе. Многие простейшие являются паразитами различных беспозвоночных и позвоночных животных. Для человека опасны дизентерийная амеба, лямблия, трихомонада, малярийный плазмодий. Некоторые виды жгутиконосцев приспособились к паразитированию на растениях